In 1708 kam es durch einen Gnadenerlass des Erzherzogs von Braunschweig und Lüneburg zur Gründung.
Die Kirche im Fachwerkhaus.
Da die Stadt zum Königreich Hannover gehörte, waren die Einwohner als Untertanen evangelisch-lutherisch. Die Zugehörigen der reformierten Konfession waren neu zugezogene Mitbürger aus dem benachbarten Nordhessen und aus Bremen.
Die Gemeindegründung wurde nur unter bestimmten Bedingungen gestattet. Eine wesentliche Auflage oblag in der „Unscheinbarkeit“ des Kirchengebäudes, um keinen Anstoß gegenüber der lutherischen Kirche zu erregen. Deshalb wurde das Gebäude ohne äußerliche Zeichen einer Kirche gestaltet, sondern im Stile eines Bürgerhauses gebaut, das sich in das Straßenbild der Burgstraße anpasste.
Diese baugeschichtliche Besonderheit macht die ev.-reformierte Kirche in Hann. Münden bis heute zu einem einmaligen kirchengeschichtlichen Baudenkmal in Südniedersachsen. Der innere Baustil ist barock gehalten, wobei die Kirche im Laufe der Jahrhunderte immer wieder Renovierungen erfuhr. Die letzte und größte Sanierung erfolgte 1980/1981. Der Innenraum wurde komplett neu gestaltet und die Kirche bekam eine aufgelockerte Innengestaltung und Farbgebung, die an die ursprünglich verwendeten Farben angepasst wurde.
